南港浸信會始於1955年，由周聯華牧師帶領，在台肥六廠廠長許懷均弟兄的宿舍開始家庭聚會。1957年在南港街上租用民房為聚會場所，聚會人數約15人左右；1958年10月19日正式設立，成為懷恩堂南港佈道所，第一任傳道人為邱公權牧師。1960年購地120坪，籌建平房式教堂四十餘坪，費用由弟兄姊妹奉獻自籌，其餘由母會懷恩堂貸款及贈與。1962年完成建堂，當時聚會人數約為二十餘人。1974年籌劃會堂改建為二層樓，1976年動工1978年3月19日新堂落成，正式定名為南港浸信會並成立教會。1999年本會接納東湖浸信會為佈道所。2015年7月開拓南港慕義堂浸信會於忠孝東路底。2018年10月開拓佳恩浸信會於基隆八斗子。